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圖片 17 麥榮禧牧師（周樹邦提供）
袁國棟牧師以保守福音派的立場認為加拿大聯合教會不守正道，聯合教會對同性戀 的態度及將上帝的提法改為中性的討論，都是不能接受的。經過一年在教會堂會和理事會 的討論醞釀，袁國棟號召教會全體成員宣佈退出聯合教會。
1989 年 4 月，在意志堅定的袁國棟牧師帶領下，絕大多數華人會眾脫離教會，並隨後成立了獨立的渥太華華人基督教教會。剩餘的華人聯合教會會員降為只有 40 人左 右，大多為老年人，但也有精英⒂。
周樹邦先生曾為理事會起草文章，發表於 1989 年 7 月的《加京華報》。文章的題 目是《為真理、為教會、為社會——加京華人聯合教會的過去、現況和未來》。
留下的 40 多名會眾以周樹邦、黃子添（Patrick Wong）和柯文生（Winson Orr）等人為核心。儘管每一位會眾留下的原因不盡相同，但主要有以下五方面的考慮：
一、加拿大聯合教會制定的“聯合基礎”符合聖經。二、加拿大聯合教會第 33 屆大會決 議是妥協性的，投票結果為 56 比 44，具有很大的爭議性，應該留下來繼續爭議。另外 各教會有權繼續持守他們的立場。三、同性戀問題是現實問題，不能回避。四、珍惜華人 聯合教會的歷史和貢獻。五、渥太華華人聯合教會明確表示不接受同性戀。
“當時教會所有人一致反對加拿大聯合教會關於同性戀問題的政策，但對於 是否脫離加拿大聯合教會則意見不一。多數人選擇了脫離，少部分人選擇向加拿大 聯合教會提出抗議但繼續留在教會。當時‘去’和‘留’的爭議，使雙方都動了感 情，但大家都是基督的門徒，都站在基督福音的立場。一間教會的分裂，結果是在 渥太華又成立了一間新的華人基督教教會。華人基督教教會這些年間發展得很好， 成為在渥太華華人教會中的中堅力量。”（周樹邦訪談）
圖片 18 羅德·班納特牧師就職典禮（周樹邦提供）
在張雲台牧師提供的《渥太華華人聯合教會會史》一文中，這樣寫道：“留下的會 眾儘管不贊成總會的立場，但願意繼續在這宗派內為神作見證，持守真道，從內部影響總 會，使之回到聖經真理的立場。”
1989 年教會分裂，袁國棟牧師離開後，差不多兩年時間內，渥太華華人聯合教會再 次處於無牧師狀態，多由平信徒主持宗教活動。教會還沒有從分裂中完全恢復，面臨著來 自加拿大聯合教會與以及教會內部語言派系的雙重挑戰。事實上，與其說“教會分裂”， 不如說“會眾分裂”更準確，因為聯合教會當時畢竟留下了 40 餘名會眾。聯合教會這個名 稱本身便意味著要聯合、要團結，教會也一直在努力團結各種語言和文化群體。
1990 年，教會重新呼召麥榮禧牧師前來事奉，他在 1970 年代對教會壯大的突出貢 獻以及他在本地華人中的良好聲譽幫助教會再次復興。教會開設了普通話部以吸引在 1989 年以來迅速增長的中國大陸移民。到 1993 年，會眾人數逐步恢復到 100 人。盡 管教會曾經分裂，會眾仍然保持著保守的神學理念。但是教會的分裂畢竟是教會會眾在靈 性上的創傷，一個受傷的群體要經歷一個掙扎的時期去療傷和恢復。
1994 年，麥榮禧牧師辭職，聯合教會再次出現沒有牧師的狀況。教會設有尋找牧師 委員會（Minister Searching Committee），在不同的歷史階段，為教堂尋找合適 的牧師。然而歷史上華人聯合教會仍然數度出現牧師空缺期。
1995 年起，羅德·班納特（Rod Bennett）牧師到教會負責英語部。
圖片 20 教會崇拜，班納特牧師與詩班（周樹邦提供）
普通話會眾與廣東話會眾
1996 年，來自香港的傳道人伍德強（T. K. Ng）牧師到教會侍奉，但一年之後便 離開了。很大程度上歸因於他未能協調好教會普通話與粵語兩大群體間的矛盾。
教會又一次失去了牧師。直到 1998 年，在華人合教會英語部工作三年並取得成功 的高加索人羅德·班納特（Rod Bennett）才走馬上任，成為教會的主任牧師。班納特 不講中文，卻被教會中各種不同語言體系的會眾接受為一個中立的牧師。
班納特牧師為人熱情和藹，在職期間帶領會眾進行了很多宗教儀式和家庭活動。他 精闢的英語講道配合中文傳譯深受會眾歡迎。他的夫人和孩子一同負責教會青少年團契， 把青少年團契辦得很活躍。班納特與教會華人理事及同工相處甚洽，他在 1999年2月25 日寫給周樹邦的一封信中寫道：
“親愛的樹邦兄弟： 我寫信給你以表達我的感謝與感激。感謝你作為主席領導宣道部，也感謝你在 1998 年擔任首席翻譯。你工作得非常出色。 同時，也祝賀你在 1999 年再次被選中領導這些部門。 …… 我謹以主的名義以及主在渥太華華人聯合教會的福音，深切感謝你不知疲倦的工作。
牧師班納特”
班納特在主任牧師職位上一直工作到 2004 年。教會在此期間又有穩定成長，“是教會一個蒙祝福的時期iii。” iii 平均崇拜人數從 1998 年 3 月的 77 人，上升到100 多人。其中的一年，有 18 位信徒受洗參加教會。
根據加拿大聯合教會規定，班納特要被按立成聯合教會的正式牧師，必須到另外的教會去事奉一年。於是班納特 2004 年離開渥太華，前往倫弗魯(Renfrew)教區的教會 事奉。兩年之後，經加拿大聯合教會蒙特利爾聯會（Montreal Conference）的確認， 班納特被按立為聯合教會的牧師，目前為倫弗魯教區三間教會的牧師。
圖片 21 麥爾·紐曼牧師
（周樹邦提供）
2005 年教會再次出現牧師空缺，空缺期間由已退休的麥爾·紐曼（Mel Newman） 牧師主持宗教儀式。事實上，在班納特牧師期間，由於班納特那時尚未正式按立，教會的 聖禮也是由紐曼牧師主持或協助完成的，比如提供聖餐、洗禮、婚禮與葬禮等。
2006 年 6 月，陳偉甡（Wilson Chan）牧師擔任了教會牧師。陳偉甡牧師于1975 年 10 月 18 日受中華基督教會香港區會按立。1973 年在香港中文大學崇基學院畢 業獲神學學士，1982 年在新加坡三一神學院獲教牧學碩士，1986 年在美國聖公會維吉 尼亞州神學院獲神學研究碩士，2001 年獲舊金山市神學院的教牧學博士。
